Comme toutes les villes moyennes, le plan d'urbanisme de Pontarlier prévoit la présence de zones industrielles.
Voici les zones industrielles de la ville de Pontarlier :
| Total | % | 0 salarié | 1 à 9 salarié(s) | 10 à 19 salariés | 20 à 49 salariés | 50 salariés ou plus | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Ensemble | 825 | 100,0 | 59 | 586 | 105 | 52 | 23 |
| Agriculture, sylviculture et pêche | 2 | 0,2 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| Industrie | 50 | 6,1 | 2 | 27 | 13 | 3 | 5 |
| Construction | 46 | 5,6 | 3 | 35 | 3 | 4 | 1 |
| Commerce, transports, services divers | 605 | 73,3 | 50 | 458 | 62 | 29 | 6 |
| dont commerce et réparation automobile | 271 | 32,8 | 20 | 212 | 25 | 12 | 2 |
| Administration publique, enseignement, santé, action sociale | 122 | 14,8 | 3 | 65 | 27 | 16 | 11 |
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